微波殺菌設備是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質(zhì)變化，使細菌失去營養(yǎng)，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養(yǎng)不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發(fā)育受到抑制而死亡。此外，微波能使細菌正常生長和穩(wěn)定遺傳繁殖的核酸RNA和脫氧核糖核酸DNA，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發(fā)遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。

　　微波殺菌設備是通過特殊熱和非熱的效應殺菌，與常規(guī)熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的消毒殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80攝氏度，就能達到效果，此外微波處理食品能保留更多的營養(yǎng)成分和色、香、味、形等風味，具有膨化效果。如常規(guī)熱力處理的蔬菜保留的維生素C是46％-50％，而微波處理是60％-90％；常規(guī)加熱豬肝維生素A保持率為58％，而微波加熱為84％。常規(guī)熱力殺菌是通過熱傳導，對流或輻射等方式將熱量從食品表面?zhèn)髦羶?nèi)部，要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。微波殺菌設備是微波能與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應與非熱效應共同作用，過到快速升溫殺菌目的，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。

　　微波殺菌設備在進行微波干操殺菌處理時，設備能即開即用，沒有常規(guī)熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率可調(diào)，傳輸速度從零開始連續(xù)可調(diào)，便于操作。常規(guī)熱力殺菌是從物料表面開始，然而通過熱傳導至內(nèi)部，存在內(nèi)外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間。往往食品內(nèi)部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內(nèi)部同時受到作用，所以消毒殺菌均勻*。